MySQLは　4.1.12　を利用しておりますので、
一部アプリケーションは動作しない場合があります。
代表的な動作しない例ではxoops などです。
しかし、4.1.12からは　cp932 が追加されているようですのでかなり利用しやすくなったと思われます。(詳細：http://www.mysql-partners-jp.biz/techinfo/tech_01.html　)

PostgreSQLは　各種文字コードに対応し、--no-locale で日本語に対応しております。